Cốt truyện sẽ theo mạch game chính của series bao gồm Metal Slug SV-001 Super Vehicle, Metal Slug 2, Metal Slug 3, Metal Slug 4, Metal Slug 5, Metal Slug 6, Metal Slug 7.xxxxnhỏ|3 chiếc Type IV AFV Girida-O của Rebel Army bị đánh bật]]

Cuộc chiến tranh hiện đại lần thứ nhất

• Giai đoạn đầu

Một vài sai lầm trong khâu tình báo của Regular Army dẫn đến vụ ném bom Công Viên Trung Tâm năm 2023, giết chết con trai của Donald Morden và khiến ông mất một mắt, ông lập tức rời khỏi Regular Army và tự phong danh Tướng và thành lập Rebel Army. Sau 5 năm chuẩn bị, vào 2028, Modern bắt đầu cuộc chiến tranh để lật đổ các nhà lãnh đạo hiện tại trên toàn thế giới. Với chiến thuật Blitzkrieg và sự thiện chiến của binh lính, các thành phố lớn nhanh chóng rơi vào tay phiến quân chỉ sau một tuần nổ súng. Một nhóm những người sống sót trong lực lượng quân đội của các chính phủ bại trận nhanh chóng thiết lập các ụ phản kháng, câu thêm thời gian để nghiên cứu và sản xuất các xe tăng SV-001 biệt hiệu "METAL SLUG", phiến quân đánh vào các nhà máy bí mật của quân kháng chiến. Marco và Tarma được cử đi để thu hồi các chiến xa bị tịch thu hoặc phá hủy chúng, đồng thời tiêu diệt lực lượng của Modern.

• Chiến dịch của Marco (bối cảnh Metal slug SV-001 Super Vehicle)

Marco bắt đầu chiến dịch ở mặt trận Châu Á, trận chiến ở Villeneuve Mt. System nhanh chóng kết thúc với chiến thắng nghiên về Regular Army, phòng tuyến của Rebel Army sau thất bại này nhanh chóng suy sụp, 2 người chỉ huy rút khỏi Châu Á để hỗ trợ lực lượng đồng minh ở châu Âu. Regular Army nhanh chóng đánh thẳng đến eo biển Traven, căn cứ chính của Rebel Army và bắt sống Tướng Morden.

Cuộc chiến tranh hiện đại lần thứ hai

• Trước cuộc chiến

Năm 2029, những thuộc hạ trung thành của Morden bắt đầu một loạt các cuộc nổi dậy nhỏ lẻ dần dần sau đó là những cuộc bạo loạn lớn và có tổ chức. Các phân tích chỉ ra rằng những sự kiện này sẽ dẫn đến 1 chiến dịch to lớn hơn, đồng thời lúc đó tướng Donald Morden cũng đã vượt ngục, liên kết với Người sao Hỏa, quân đội Nhật Bản và bộ binh Arabian.

• Diễn biến chính (Bối cảnh Metal slug 2/X)

Regular Army tiếp tục gửi Marco và Tarmo của P.F Squad để chiến đấu chống lại lực lượng bạo loạn, chiến dịch được dự đoán sẽ là 1 công việc khó khăn khi 1 lực lượng binh lính tinh nhuệ nhỏ phải chống lại 1 lực lượng to lớn, vì vậy bảo mật thông tin được đặt lên hàng đầu khi mà cả các cấp chỉ huy cao nhất của RA không hề được cung cấp đầy đủ thông tin các nhiệm vụ. Để hỗ trợ cho chiến dịch này, Eri và Fio từ lực lượng S.P.A.R.R.O.W.S được cử ra tuyền tuyến. Chiến dịch bắt đầu ở vùng Trung Đông, lực lượng bộ binh của Abul Abbas nhanh chóng bị đánh bại vì những vũ khí thô sơ, lỗi thời. Nhóm liên quân tiếp tục chiến đấu chống lại Rebel Army ở trên toàn thế giới và số lượng nhỏ các Siêu chiến binh ở đường cống thành phố New Godokin (kết quả một cuộc thí nghiệm thất bại của Rebel Army). Cuối cùng là tới căn cứ chính ở Siberia, cả nhóm ban đầu phải chiến đấu chống lại Rebel Army và cả người Sao Hỏa, nhưng sau cùng, khi người Sao Hỏa lật mặt bắt cóc Modern và mở cuộc xâm chiếm trái đất, Rebel Army và Regular Army trở thành đồng minh ngắn hạn chiến đấu chống lại cuộc xâm lược. Morden được giải thoát và phi thuyền mẹ bị đánh bật sau khi một phi công của Rebel lái thẳng máy bay vào điểm yếu của nó khiến nó bị hư hại nặng. Tướng Morden sau đó cũng nhanh chóng tẩu thoát cùng với các binh lính của mình và ẩn dật, quân đội Nhật Bản ngay sau đó cũng đã đầu hàng để tránh một cuộc tổng tấn công vào địa lục chính.

Cuộc chiến tranh hiện đại lần thứ ba (Bối cảnh Metal Slug 3)

Tháng tư năm 2031, nhận thấy Rebel Army lại tiếp tục hành động vì mục đích bá chủ thế giới, P.F Squad và S.P.A.R.R.O.W.S. bắt đầu chiến dịch hợp tác mới để chống lại Morden một lần nữa. Trong thời gian hoạt động, liên quân nhận thấy các hiện tượng kỳ lạ như sự biến mất của vật nuôi và việc chính phủ xác nhận sự nhìn thấy về quái vật hay thây ma nhưng tất cả bị gạc sang vì sự đánh bại Rebel Army được đặt lên hàng đầu và các việc trên hầu như không hề có kết nối gì với nhau. Khi Morden bị ngã khỏi trực thăng sau 1 cuộc chiến với Regular Army, "Morden" đó hóa ra là một người sao hỏa cải trang để thực hiện ý định bí mật xâm chiến trái đất nhưng bất thành. Một thành viên của Regular Army bị bắt cùng với Tướng Morden lên tàu mẹ, Rebel Army và Regular Army tiếp tục trở thành đồng minh ngắn hạn, tất cả quân lính được gửi lên vũ trụ để tấn công tàu mẹ bằng các phi thuyền được chế tạo bởi Rebel. Morden và thành viên của Regular Army được giải thoát, tàu mẹ bị hư hại nặng. Khi đi xuyên qua tầng khí quyển trái đất, S.F Squad và S.P.A.R.R.O.W.S phải chiến đấu chống lại Rootmars - chỉ huy tối cao của người sao hỏa. Rootmars bị vỡ não sau cuộc chiến và tất cả đều rơi xuống biển. Phân cảnh cuối cho thấy các thành viên của P.F Squad và S.P.A.R.R.O.W.S đứng trên chiếc SV-001 đang nổi lềnh đềnh và phía sau là tướng Modern rời đi cùng 3 binh lính dưới quyền trên những chiến UFO thu được từ người sao hỏa.

Cuộc xâm lược của loài Venusians (Bối cảnh Metal Slug 6)

Ngay sau cuộc chiến tranh hiện đại lần ba, người sao hỏa bị tấn công bởi giống loài Venusians, một lần nữa tướng Morden đồng ý hợp tác với người sao hỏa. Họ trục vớt và hồi sinh thành công Rootmars nhưng ngay sau đó căn cứ chính của Rebel Army và một số thành phố quan trọng bị tấn công bởi Venusians nên họ phải rút lên núi và xây dựng 1 căn cứ mới. Regular Army nghi ngờ về các hoạt động của Rebel Army nên đã cử các 4 thành viên cũ từ S.F Squad và S.P.A.R.R.O.W.S và 2 thành viên mới của 1 đơn vị quân đội độc lập để điều tra. Sau một cuộc chiến ngắn, Rebel Army và người sao hỏa chính thức trở thành đồng minh ngắn hạn với Regular Army với mục tiêu tiêu diệt loài Venusians. Tháng 5 năm 2031, một cuộc tổng tấn công vào ổ của Invader Queen - chỉ huy của loài Venusians được thực hiện, toàn bộ giống loài này bị quét sạch, mối nguy hiểm đối với Trái đất và sao hỏa được loại bỏ. Ba lực lượng lập tức tách ra để thực hiện bù đắp tổn thất.